Cerca de vinte anos depois, o bispo D. Gaspar de Faria, criou a paroquia de S. Pedro, no lado poenta da cidade, em 1572, dando-lhe como limite da da Sé o “tanque grande das Covas”. Lá para o fim do século XVI, passados os dias terríveis da guerra entre os partidários de D. Antonio Prior do Carto e de Filipe II, invocando o crescimento de paroquianos, com os soldados do Castelo, entretanto construído, o bispo D. Manuel de Gouveia, em 1595, criava a última das freguesias citadinas, a de Santa Luzia, dando-lhe como limites que a separavam da Sé, a rua do Rego até às casas de Jorge de Lemos de Bettencourt (o actual Solar da Madre de Deus) para poente e as casas do Almoxarife, para nascente.

Estavam assim, em definitivo, estabelecidas as limitações da freguesia da Sé, como ainda hoje a conhecemos e o seu território transformado numa zona exclusivamente urbana e sem dúvida o coração da cidade. Território mais pequeno do que qualquer outra das freguesias vizinhas, mas mais intensamente povoado e onde continuavam estabelecidos os mais imponentes e mais destacados edifícios citadinos. Entre os fregueses contavam-se as mais destacadas personalidades e bem se pode afirmar que a alma de Angra era a freguesia da Sé e neste espaço se desenrolavam sempre os actos e as acções que marcaram a história dos açorianos e sobejas vezes a dos portugueses.

A vitória do Liberalismo, na qual tanto se empenharam os angrenses, trouxe a partir de meados do século XIX profundas e radicais alterações à sociedade portuguesa. Para já passou a haver uma administração pública e uma organização civil de território, com os códigos administrativos. Ainda na fase de ensaios, sob a égide da Regência de D. Pedro, um decreto de 25 de Novembro de 1830 iniciava as reformas pela criação das Juntas de Paróquia entre elas a Junta da Paróquia da Sé, com latas atribuições administrativas entregues aos cidadãos. Tal decreto é uma espécie de atestado de nascimento das futuras Juntas de Freguesia, ainda que este auspicioso começo tenha sido abandonado nas sucessivas reformas, até ao código Administrativo de 1878, o mais democrático e mais descentralizador de todos os códigos de Monarquia Constitucional. Por ele as freguesias entraram em definitivo na pirâmide de Administração Pública, não voltando a desaparecer da hierarquia administrativa do território. Seguiram, é verdade, os vários figurinos políticos, sendo ora eleitos, ora designados pelo poder político, mas sempre actuantes na administração.

É pena que pouco se conheça da história particular das Juntas de Freguesia dos Açores e neste caso da Junta de Freguesia da Sé, da sua actuação administrativa e até os nomes dos cidadãos angrenses que ao longo de mais de um século contribuíram para prestigiar a freguesia, a cidade e os Açores.